Vịt đã được quay ở Trung Quốc từ thời Nam và Bắc triều.[2] Một biến thể của vịt quay đã được chế biến cho Hoàng đế Trung Hoa vào thời nhà Nguyên. Món ăn, ban đầu được đặt tên là "thiêu áp tử" (燒鴨子), được đề cập trong sách hướng dẫn Ẩm thiện chính yếu (飲膳正要) vào năm 1330 bởi Hốt Tai Huệ (忽思慧), một giám định viên của nhà bếp hoàng gia.[3][4] Vịt quay Bắc Kinh gắn liền với thuật ngữ vào thời cuối nhà Minh[2][5][6]; đến lúc đó nó đã là một trong những món ăn chính trong thực đơn của triều đình.[7] Nhà hàng đầu tiên chuyên về vịt quay Bắc Kinh, Tiện Nghi Phường, được thành lập ở Xianyukou, gần Chính Dương Môn thuộc Bắc Kinh vào năm 1416.[8]

Đến thời Càn Long (1736–1796) của nhà Thanh, sự phổ biến của món vịt quay Bắc Kinh đã lan rộng đến các tầng lớp thượng lưu, tạo cảm hứng cho các nhà thơ và học giả thưởng thức món ăn này. Ví dụ, một câu thơ trong bài Đô môn trúc chi từ (都門竹枝詞), một bài thơ địa phương ở Bắc Kinh, đã ghi "Lưỡng thiệu tam thiêu yếu mãn hồ, Quải lô áp tử dữ thiêu trư" (兩紹三燒要滿壺，掛爐鴨子與燒豬; tạm hiểu Hãy lấp đầy chiếc đĩa của người với vịt quay và heo nướng).[9][10]

Năm 1864, nhà hàng Toàn Tụ Đức (全聚德) được thành lập tại Bắc Kinh. Dương Toàn Nhân (楊全仁), người sáng lập Toàn Tụ Đức, đã phát triển lò nướng để quay vịt. Với những đổi mới và cách quản lý hiệu quả, nhà hàng này đã trở nên nổi tiếng ở Trung Quốc, đưa món vịt quay Bắc Kinh ra bên ngoài thế giới.[11]

Vào giữa thế kỷ 20, vịt quay Bắc Kinh đã trở thành biểu tượng quốc gia của Trung Quốc, được du khách cũng như các nhà ngoại giao ưa chuộng. Ví dụ, Henry Kissinger, Ngoại trưởng Hoa Kỳ, đã gặp Thủ tướng Chu Ân Lai tại Đại lễ đường Nhân dân vào ngày 10 tháng 7 năm 1971, trong chuyến thăm đầu tiên (bí mật) đến Trung Quốc. Sau một hồi đàm phán không xong vào buổi sáng, phái đoàn được phục vụ món vịt quay Bắc Kinh cho bữa trưa, món ăn khoái khẩu của Kissinger. Người Mỹ và người Trung Quốc đã ra một tuyên bố chung vào ngày hôm sau, mời Tổng thống Richard Nixon thăm Trung Quốc năm 1972. Sau cái chết của Chu năm 1976, Kissinger đã có chuyến thăm khác tới Bắc Kinh để thưởng thức món vịt quay Bắc Kinh.[12][13] Đặc biệt, vịt quay Bắc Kinh tại Toàn Tụ Đức cũng là món ăn yêu thích của nhiều nhà lãnh đạo chính trị khác nhau, từ Fidel Castro của Cuba cho đến cựu thủ tướng Đức Helmut Kohl.[14][15]

Hai nhà hàng nổi tiếng ở Bắc Kinh phục vụ món ăn này là Toàn Tụ Đức và Tiện Nghi Phường, cả hai cơ sở có tuổi đời hàng thế kỷ đã trở thành những cái tên quen thuộc, mỗi nhà hàng đều có phong cách riêng: Toàn Tụ Đức được biết đến với phương pháp nướng lò hung, trong khi Tiện Nghi Phường thì áp dụng kỹ thuật quay lò kín lâu đời nhất.[16][17]